Nicht nur Medikamente an sich, sondern auch der leitliniengerechte Einsatz der Substanzen unterliegt mit zunehmendem Wissen um die Infektionskrankheit und die Wirkweise der Therapien recht regelmässigen Veränderungen.

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Diese Therapieleitlinien, z.B. auf der Internetseite der "Deutschen Gesellschaft für Stoffwechselerkranungen", DGVS, oder der "European Association for the Study of the Liver",  EASL, abzurufen, sollen den/die Behandler/-in bei der Auswahl der Substanzen und der Wahl des richtigen Zeitpunktes für einen Behandlungsbeginn unterstützen. In Deutschland besteht weiterhin bei einer Viruslast (HBV-PCR) über 2000 IU/ml und/oder einer rezidivierenden GPT Erhöhung über der Norm und/oder histologischem Nachweis einer moderaten bis höhergradigen Fibrose (≥F2 nach Desmet) eine Therapieindikation.

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Patienten mit einer Leberzirrhose werden bei Nachweis einer Virämie, auch < 2000 IU/ml, auch bei normwertigen Transaminasen behandelt. Noch komplexer ist die Therapie Hepatitis C-, D- oder HIV-koinfizierter Patienten.

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Für Hepatitis B/HIV-Koinfizierte gibt es eigene, regelmässig aktualisierte europäische Therapierichtlinien der "European AIDS Clinical Society", EACS, die auf der Internetseite veröffentlicht sind.