Mit Ausnahme der fulminanten Hepatitis B, wird die akute Hepatitis B in der Regel nicht antiviral therapiert, da sie, zumindest bei der Infektion im Erwachsenenalter, fast immer alleine ausheilt (siehe HBV-Grundwissen).

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Die Behandlung der chronischen Hepatitis B hat in den letzten Jahren grosse Fortschritte gemacht. Auch wenn das Arsenal an antiviral wirksamen Substanzen mit dem zur Therapie der HIV-Infektion an Umfang und Diversifikation nicht zu vergleichen ist, haben wir auch bei der Therapie der chronischen Hepatitis B Wahlmöglichkeiten. Neben dem unter die Haut (subkutan) zu spritzenden Interferon, gibt es Wirkstoffe (in der Regel Tenofovir [TDF oder TAF] oder Entecavir), die in Tablettenform einzunehmen sind. Welche Therapie im Einzelfall sinnvoll ist, sollte mit dem/der erfahrenen Behandler/-in) besprochen werden.

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Auch mit einer medikamentösen Therapie gelingt es oft nicht, die chronische Hepatitis B komplett zur "Ausheilung" zu bringen. Versucht werden sollte es aber, die Hepatitis B Viruslast im Blut unter die Nachweisgrenze zu senken und damit die Entzündung und das Risiko eine manifeste Lebererkrankung mit Fibrose, Zirrhose oder gar Leberzellkrebs zu entwickeln, zu reduzieren. Bei Patienten, die eine Hepatitis B Infektion mit einem HBeAg (exkretorisches Hepatitis B Antigen) positiven Virus haben, kann unter bestimmten Bedingungen die orale Therapie 6-12 Monate nach erfolgter HBeAg Serokonversion (meint den neuen Nachweis von Antikörpern gegen das HBeAg im Verlauf) im Sinne eines "Auslassversuchs" von einem/einer erfahrenen Behandler/-in gestoppt werden. Allerdings kommt es in diesen Fällen nicht immer zu einer langfristigen immunologischen Kontrolle, so dass die erneute Einleitung einer antiviralen Behandlung notwendig werden kann. Regelmässige Kontrollen sollten sowohl unter einer Hepatitis B Therapie, als auch bei HBsAg (Hepatitis B Surface Antigen, Teil der Virushülle) positiven Patienten ohne Therapie erfolgen.

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Allerdings wird auch weiterhin diskutiert, ob nicht eine Fortführung der oralen Therapie trotz der beschriebenen HBeAg- Serokonversion bis zum HBsAg Verlust für den Patienten von Vorteil ist.

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Eine besondere Herausforderung stellt die Behandlung der HBeAg negativen chronischen Hepatitis B dar. Der fehlende Nachweis des HBeAg in Verbindung mit einer niedrigen Virämie kann dabei Ausdruck einer besseren Kontrolle des Virus durch das Immunsystem sein oder, in Verbindung mit einer hohen Virämie, Zeichen eines mutierten Hepatitis B Virus sein, welches kein oder nur wenig HBeAg produziert. Sollte eine antivirale Therapie notwendig werden, so fehlt mit der HBeAg-Serokonversion (die ja schon erfolgt ist) ein Marker zur Erfolgskontrolle der Hepatitis B Therapie, wie sie bei HBeAg-positiven Patienten möglich ist. Die medikamentöse Behandlung mit den oralen Substanzen wird so bis zur entgültigen "Ausheilung" oft viele Jahre bis lebenslang stattfinden.

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Die entgültige "Ausheilung" der chronischen Hepatitis B ist durch einen Verlust des HBsAg mit Nachweis von anti-HBsAg (Antikörpern gegen das HBsAg) gekennzeichnet, leider ein seltenes Phänomen sowohl im natürlichen Verlauf der chronischen Hepatitis B als auch unter einer antiviralen Medikation. Zu beachten ist, dass eine echte Ausheilung einer Hepatitis B Infektion wohl nicht stattfindet. Vielmehr kann man eher von einer langfristigen immunologischen Kontrolle (aktuell international auch "closest to cure" bezeichnet) sprechen. Hepatitis B Viruserbgut kann im Zellkern der menschlichen Zelle zurückbleiben. So kann eine "ausgeheilte" Hepatitis B Infektion bei einer deutlichen Schwächung des Immunsystems (z.B. durch Immunsuppressiva oder eine bestimmte Chemotherapie) reaktivieren. Patienten, die eine solche Behandlung benötigen, sollten im Vorfeld immer auf eine Hepatitis B Infektion getestet werden und erhalten ggf. antivirale Medikamente zum Schutz vor einer Reaktivierung einer vermeindlich "ausgeheilten" Hepatitis B Infektion.